Nacionalni plan ima tri cilja: povećati dostupnost bolničke zdravstvene zaštite, unaprijediti kvalitetu i učinkovitost pružanja bolničkih usluga i povećati djelotvornost i racionalizirati troškove poslovanja bolničkih ustanova.
Nacionalni plan te će ciljeve do kraja 2016. godine postići kroz pridržavanje temeljnih načela supsidijarnosti, što znači da se zdravstveni problemi trebaju rješavati na najnižoj razini pružanja zdravstvene zaštite na kojoj je to moguće te načela funkcionalne integracije, odnosno kroz uspostavljanje regionalnih bolničkih mreža kroz četiri regije zdravstvenog planiranja: Središnju i sjevernu, Istočnu, Južnu i Zapadnu.
Nacionalni plan uključuje niz mjera, poput uspostavljanja Nacionalnog registra pružatelja zdravstvene zaštite, uspostavljanje četiri regije zdravstvenog planiranja s omogućavanjem funkcionalne integracije pojedinih bolnica, smanjenje akutnih stacionarnih kapaciteta, bolje iskoristivosti postojećih i ugovorenih kapaciteta, povećavanja kapaciteta i broja usluga dnevne bolnice, integracije i preraspodjele pojedinih djelatnosti gdje je to prikladno (primjerice, objedinjavanje internističkih djelatnosti, objedinjavanje kirurških djelatnosti itd.).
Uz to, predviđeno je i povećanje kapaciteta i iskoristivosti specijalističko-konzilijarne zdravstvene zaštite kako bi se moglo prihvatiti opterećenje u vidu većeg broja pacijenata, integriranje i opremanje hitnih bolničkih prijema i ustrojstvenih jedinica za što je osiguran novac iz fondova EU, povećanje kapaciteta za produljeno i dugotrajno liječenje, povećanje kapaciteta za palijativno liječenje u skladu sa Strateškim planom razvoja palijativne skrbi do 2016, preraspodjela i koncentriranje bolničkih resursa i usluga unutar pojedinih bolnica ili funkcionalno integriranih bolnica utvrđenima Nacionalnim registrom.
Izlazak Hrvatskog zavoda za zdravstveno osiguranje omogućio je pak ugovaranje bolničke zdravstvene zaštite na temelju mjerljivih pokazatelja učinkovitosti i kvalitete, a u skladu s Nacionalnim planom i Nacionalnim registrom (poticanje pružanja usluga uz dnevnu bolnicu i specijalističko-konzilijarnu zdravstvenu zaštitu), odnosno prema funkcionalno integriranim bolnicama, unaprjeđenje sustava bolničkog financiranja na način da cijena zdravstvenih usluga odražava realnu cijenu usluge.
Ministar Varga naglasio je i kako je novi model plaćanja, plaćanje bolnicama ne putem definiranih limita nego po ispostavljenom računu za izvršenu ugovorenu uslugu, jedan od preduvjeta uspješne provedbe Nacionalnog plana, kako bi bolnice bile usmjerene na to da stave pacijenta u središte zdravstvenog sustava, što je cilj ministra i Ministarstva zdravlja.